De manera general y basados en la información obtenida de cada especie invasora los daños a la biodiversidad puertorriqueña gira entorno a especies nativas en amenaza o en peligro de extinción y a cambios drásticos a los ecosistemas de los cuales estos dependen. Mayormente existe gran competencia de espacio entre especies nativas e invasoras; daños a la vegetación tanto terrestres como marinas, ya sea consumiendo o modificando la misma; y dispersar plantas invasoras. Adicionalmente afecta el equilibrio poblacional de nuestras especies nativas en amenaza o en peligro de extinción por competencia de alimento o por invadir excesivamente sus hábitats naturales e incluso algunos que son controlados a través de la isla para su protección. Ejemplo de esto son la cotorra puertorriqueña (Amazona vittata), mariquita de Puerto Rico (Agelaius xanthomus), boa puertorriqueña (Chilabothrus inornatus), murciélagos polinizadores, el coquí puertorriqueño (Eleutherodactylus coquí), al igual que otras variaciones de la especie del coquí, y muchas especies nativas de fauna y flora marina. Igualmente, estas especies invasoras afectan infraestructuras por parte de crear madrigueras lo cual desestabiliza el terreno del ecosistema, donde cabe mencionar que dicho efecto sucede en los ríos y los arrecifes por parte de peces, crustáceos y moluscos invasores.